Sito cierra el círculo vasco

Posteriormente, después de tres temporadas trabajando en la sombra y aprendiendo de Aíto García Reneses, el nuevo entrenador baskonista cogió las riendas del conjunto de Badalona y debutó como entrenador jefe en la Liga Endesa en la temporada 2008-09, en la que tambié disputó la que es hasta ahora su única participación en Euroliga. Sito Alonso llego a San Sebastián para entrenar al Gipuzkoa Basket en la temporada 2011-12, al ser destituido en Badalona en marzo de 2010, y cumplió un ciclo de tres temporadas con el club donostiarra con el que cosechó los mejores éxitos de la entidad como la consecución del quinto puesto en la Liga Endesa en su primera temporada.

Este éxito le sirvió a Alonso para ser galardonado en el 2012 con el premio Antonio Díaz-Miguel que reconoce al mejor entrenador de la temporada.

En el año 2014 se vinculó con el Bilbao Basket con el que ha vivido buenos momentos deportivos que han estado mezclados con los problemas económicos del club bilbaíno, que concluyeron con la salida del técnico madrileño después de una discreta temporada en la que a pesar de haber clasificado a su equipo a las semifinales de la Copa del Rey, no pudo entrar en los "playoffs" por el título. El nuevo inquilino del banquillo vitoriano también posee experiencia con los jóvenes, no sólo por sus apuestas deportivas en los clubes que ha pasado sino por haber dirigido a la selección española sub-20 con la que consiguió la medalla de bronce en el Europeo de 2013 celebrado en Tallin (Estonia), entre otros éxitos.